合同的履行是指合同当事人按照合同的约定履行自己的义务，实施属于合同标的的民事法律行为。航空运输合同的履行是合同当事人实施航空运输行为的过程。航空运输行为是指航空运输活动参与人为完成航空运输过程而从事的所有受行为人意志支配的有意识的活动，其直接结果就是引起具体的民事法律关系的产生、变更和消灭。一般我们把航空运输行为分为旅客运输、货物运输和包机运输。
一、旅客运输
（一）旅客运输合同一经成立，民航承运人就必须履行以下义务：
第一，基本义务：保障旅客的旅行安全，及时将旅客运送至约定目的地；
第二，为旅客提供良好服务的义务；
第三，保证按照公布实施的航班时刻为旅客提供乘机便利的义务；
第四，保证飞行安全和航班正常，认真做好服务工作的义务；
第五，航空运输过程中尽力救护伤病旅客的义务；
第六，自身原因航班延误或取消时向旅客提供食宿等必要服务的义务；
第七，非自身原因航班延误或取消时对旅客的协助义务；
第八，经停地航班延误或取消时对旅客无条件提供服务和及时通知义务；
第九，协同配合保障航班正常义务。
（二）旅客运输合同的履行过程包括：
1、定座。根据《中国民用航空旅客、行李国内运输规则》（以下简称“客规”）的规定，定座是指对旅客预定的座位、舱位等级或对行李的重量、体积的预留。承运人及其代理人可根据情况采取随定随售、合同定座或其它方式接受旅客定座。定座是承运人及其代理人与旅客之间双务法律行为，体现着双方的权利义务关系。一方面承运人应规定并公布航班开始和截至接受定座的日期，必要时可暂停接受某一航班的定座。一旦旅客定妥座位在约定购票时限前，承运人应按旅客已经定妥的航班和舱位等级为旅客提供座位；另一方面，定妥座位的旅客必须在承运人规定或约定的时限前购票，否则座位不予保留。“客规”中对定座的操作做出了详细具体的规定。
2、售票与购票。“客规”规定，承运人应按规定公布航班、票价和其他旅客乘机须知材料，旅客在购票时应提供有效的身份证件和证明；承运人及其代理人应旅客的要求，按照其公布的票价把客票（单程、联程、往返客票或定期、不定期客票）出售给旅客，旅客依规定或约定的付款方式向承运人及其代理人支付票款，票价仅指出发地机场到目的地机场的航空运输价格，不包括机场到市区之间的地面运输费用。承运人要求旅客必须在客票有限其内完成客票上列明的全部航程。客票均采取记名方式，只限客票上填明姓名的旅客本人使用，不得转让和涂改。客票一经定妥座位后只适用于乘机联上列明的航程、日期和航班；使用客票要交验包括旅客联和乘机联在内的有效客票。
旅客购票后，出于自身原因，可按照“客规”的规定，要求进行客票自愿变更和自愿退票，承运人必须按“客规”规定办理。由于承运人原因引起旅客购票后的非自愿变更和非自愿退票的，承运人应尽可能按照旅客的合理要求，办理客票变更和退票。
旅客购票后发现客票遗失，应及时以书面形式向承运人申请挂失，申请挂失前客票被冒用、冒退的，承运人不承担责任。承运人应按照“客规”规定，为旅客办理补票或退款。
3、乘机。旅客应当在承运人规定的时限内到达机场，凭客票及本人有效身份证件或证明办理客票查验、托运行李、领取登机牌等乘机手续。承运人则必须以适当的方式告知旅客办理乘机手续的起止时间，并在规定的起止时间内按时开放值机柜台，按规定接受旅客出具的客票，快速、准确地办理值机手续。乘机前，旅客及其行李必须经过安全检查。对特殊旅客乘机，“客规”规定了承运限制，特殊旅客只有符合承运人规定的条件并经承运人同意方可购票乘机。承运人可以对不符合其规定条件的特殊旅客不予承运，对根据国家有关规定不能乘机的旅客，承运人有权拒绝其登机。
旅客误机、漏乘、错乘，承运人应按照“客规”有关规定处理。
4、团体旅客和要客运输。团体旅客和要客是旅客运输中的特殊主体，在普通旅客权利义务的基础上，承运人对团体旅客和要客提供特殊和优先服务。
5、行李运输。行李是指旅客在旅行中为穿着、使用、舒适或方便的需要而携带的物品和其它个人财物。根据运输责任将承运人承运的行李分为托运行李、自理行李和随身携带物品。承运人应按“客规”规定办理旅客行李的托运手续，并承担相应义务。旅客不得将“客规”中规定的不得托运和携带的物品以任何形式交运或携带乘机。旅客必须凭有效客票托运行李，托运行李必须符合承运人对行李的条件规定。承运人收运行李后，应当向旅客出具行李运输凭证，并应和旅客同机运输，特殊情况不能同机托运的，应及时向旅客说明并在最快时间内将托运行李运至目的地。旅客应在航班到达目的地后凭行李运输凭证提取托运行李。行李发生延误、丢失或损坏，旅客和承运人可按照“客规”有关规定在法定期限内进行赔付和补偿。
6、旅客服务。承运人应当在保证飞行安全和航班正常的前提下为旅客运输提供各项服务。在出现航班取消、延误等不正常航班的情况下，承运人应当及时通知旅客，并及时为旅客提供食宿或协助旅客提供食宿，并根据旅客要求按照“客规”规定做好后续航班安排或退票工作。
二、货物运输
（一）航空托运人应按照航空货物运输合同履行自己的以下义务：
第一，按合同规定时间、包装提供运送货物；
第二，及时支付运费的义务；
第三，遵守国家运输安全规定的义务；
第四，如实申报义务；
第五，及时提交相关运输凭证、证明文件和手续的义务；
而承运人则应按照约定的期限和目的地将货物运达，并在到货后24小时内向收货人发出到货通知，逾期无人认领的无法交付货物承运人有权妥善处置。承运人应按照货运单交付货物，并对其责任期间托运货物的灭失、毁损、变质等承担相应责任。收货人提取货物并在货运单上签收后，承运人解除运输责任。收货人应既是提取货物，逾期领取要承担货物保管责任，补交托运人未负或少付的运费，因收货人责任造成承运人财产损失的，要承担赔偿责任。
（二）航空货运合同履行过程如下：
1、托运。托运人凭有效身份证件，填写货物托运书，提供由中国民用航空货物国内运输规则（以下简称“货规”）中要求托运人向承运人提供的有效证明，向承运人及其代理人办理托运手续。所托运货物必须符合“货规”条件，特殊货物还应符合承运人运送货物的特殊要求。
2、承运。
（1）收运。承运人应当按照“货规”中的要求收运货物。收运时承运人应当查验托运人的有效身份证件，查验限制托运货物的准运凭证。托运货物必须符合“货规”的要求，并一律接受安检。
（2）运送。承运人应当按照“货规”的要求尽快将货物运抵目的地，并保证货物在运输的过程中和交付前不被损坏。
3、到达和交付。货物到达后承运人及其代理人应及时通知收货人取货，收货人凭到货通知单和本人有效身份证件提货，委托他人提货的还应提供委托人的有效身份证件。承运人应当按照货运单列明货物清点后交付收货人，收货人提取货物后在货运单上签收而未提出异议则视为货物已完好交付。
4、货物运输变更。托运人根据“货规”规定可对已办妥托运手续的货物进行变更，承运人应当及时处理托运人的变更要求，并及时将不能变更的理由告知托运人。
5、特种货物运输。除应遵守普通货物运输的规定外，还应遵守“货规”相应的特殊要求。承运航空邮件和航空快递邮件，承运人仅对邮政企业负责，安全、迅速、准确地组织运输。
三、包机运输
包机是指包机人从航空器所有人租用配备机组的航空器。包机运输是指包机人按照包机合同的规定使用包租的航空器运送旅客、货物的行为。包机人也可以只租用航空器的部分舱位或集装板（箱），也就是包舱。包机人和承运人就包机（舱）运输签订合同之后，双方均应当承担合同规定的经济责任。承运人要凭客运包机合同，按飞机架次填写客票给包机人作为乘机凭证。货运包机每架次填制托运单和货运单，作为货运包机凭证。包机座位和吨位的利用应以包机合同规定额度为限，承运人如欲利用需征得包机人同意。包机合同签订后除因不可抗力外原则上不得任意变更或取消，否则应承担违约责任。